Menjelang akhir 1965, Jeneral Soeharto memegang tampuk pemerintahan Indonesia setelah berlakunya rampasan kuasa. Oleh kerana konflik dalaman negara, keinginan Indonesia untuk meneruskan konfrontasi dengan Malaysia berkurangan dan peperangan telah reda.

Pada 28 Mei 1966, sebuah rundingan dilakukan di Bangkok, Kerajaan Malaysia dan Indonesia mengumumkan perdamaian setelah Soeharto menghantar Adam Malik sebagai wakil untuk berunding dengan Tunku Abdul Rahman. Kekerasan berakhir pada bulan Jun, dan perjanjian perdamaian ditandatangani pada 11 Ogos dan dirasmikan dua hari kemudian. Penghancuran PKI dan elemen-elemen politik kiri, dan perletakan jawatan oleh Soekarno telah menyebabkan perubahan mendadak dalam kestabilan politik Indonesia pada tahun 1965. Indonesia secara rasminya mengakhiri konfrantasi terhadap Malaysia pada tahun 1967.

Akibat

Konfrontasi ini merupakan salah satu penyebab pendekatan Presiden Soekarno dengan Parti Komunis Indonesia, menjelaskan aktiviti ketenteraan yang menggabungkan diri dalam gerakan G30S/Gestok (Gerakan Satu Oktober), dan juga pada akhirnya menyebabkan PKI melakukan penculikan pemerintah tertinggi Tentera Darat.[1]

Pembentukan Malaysia pada 16 September 1963 tidak disenangi oleh Indonesia dan Filipina tetapi juga tidak diiktiraf oleh Pakistan melalui Menteri luar Pakistan, Zulfiqar Ai Bhutto .[perlu rujukan] Malaysia tidak dijemput menghadiri Sidang kemuncak Afri-Asia 1965 di Algeria. Malahan wakil Malaysia turut dihalang menghadirinya[perlu rujukan]. Rampasan kuasa Algeria 1965 dapat menjatuhkan Presiden Algeria, Ahmed Ben Bella.

Sekiranya Jeneral Suharto yang ditugaskan Soekarno menggerakkan tentera Indonesia rasmi menyerang Malaysia, peperangan terbuka pasti akan berlaku. Armada British berlabuh di Laut China Selatan lengkap dengan senjata nuklear dan bersiap-sedia menyerang Jakarta jika perlu. [perlu rujukan] Tentera Amerika pula sedang terlibat dalam Perang Vietnam da tidak mahu Indonesia jatuh ke tangan komunis. CIA memberi 50 juta rupiah, walkie-talkie dan ubat-ubatan kepada Adam Malik. [perlu rujukan] Adam Malik bertemu buat pertama kali dengan Tunku sebelum solat Jumaat di Masjid Negara.

Gerakan 30 September 1965 (G30S) berlaku apabila komunis PKI pimpinan Leftenan Kolonel Untung Shamsuri membunuh tujuh panglima tentera. Namun Jenderal Haris Nasution selaku Menteri Pertahanan Indonesia terselamat. Suharto muncul sebagai orang kuat tentera yang baru.Hubungan Malaysia-Indonesia semakin kembali akrab.[5]